財政部臺北市國稅局表示，扣繳單位給付租金或權利金等所得時，因契約約定由扣繳單位負擔稅款，故以未含扣繳稅款的金額辦理扣繳，致扣繳義務人短扣稅款而受罰。
該局說明，依所得稅法第88條規定，納稅義務人有該條所列之各類所得者，應由扣繳義務人於給付時，依規定之扣繳率或扣繳辦法，扣取稅款，並依規定繳納之。其扣繳稅款之計算，係以包括扣繳稅款在內之給付總額為基礎。因此，我國營利事業給付外國營利事業權利金時，雖約定外國營利事業取得之權利金應納之所得稅，由我國營利事業負擔，扣繳義務人於給付時，仍應以外國營利事業實際取得之權利金，加計其應負擔之扣繳稅款後之給付總額，作為計算扣繳稅款之基礎。
該局舉例，國內甲公司給付國外乙公司權利金，契約約定乙公司實收100萬元，則甲公司給付乙公司權利金時，應按給付淨額100萬元換算為給付總額125萬元〔100萬元÷﹙1-20%﹚〕，再以給付總額125萬元乘以扣繳率﹙20%﹚計算扣繳稅款25萬元﹙125萬元×20%﹚；甲公司如誤以100萬元為給付總額，乘以扣繳率﹙20%﹚計算扣繳稅款為20萬元，則有短扣繳稅款5萬元。
該局指出，個人出租房屋予扣繳單位時，亦常於租賃契約約定由扣繳單位負擔稅款，因此扣繳單位於給付租金時，請扣繳義務人務必注意扣繳稅款的計算方式，以免計算錯誤，造成短扣繳稅款而受罰。
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